John Hagee rozwiódł się z pierwszą żoną, Marthą Downing, w 1975 roku. John i Martha pobrali się w 1960 roku, a para miała dwoje dzieci, Christophera i Tish.
John Hagee był założycielem i starszym pastorem Kościoła Trójcy Świętej. Wiadomość o zbliżającym się rozwodzie zaskoczyła jego zbór. Martha zdobyła opiekę nad dwojgiem dzieci podczas rozwodu. W 1975 roku, po rozwodzie, Hagee założył nowy kościół, The Cornerstone Church. Po założeniu nowego kościoła Hagee poślubił Diane Castro i razem mieli troje dzieci: Christinę, Mathew i Sandy. Hagee miał 13 wnuków.
Niektórzy twierdzą, że Hagee miał romans z Dianą Castro, która była członkiem jego byłego kongregacji kościelnej. Hagee rzekomo napisał list do swojego kościoła, przyznając się do swojej niemoralności.
