"IGI-2: Covert Strike" zawiera 19 misji dla pojedynczego gracza, od ukrytych inwigilacji i ucieczek po napady i ataki na dużą skalę. Misje występują w wielu różnych pomieszczeniach i na zewnątrz lokalizacje. Gracz wybiera sposób, w jaki się zbliża i wykonuje każdą misję.
Każda misja ma swój cel i dostępnych jest wiele ścieżek do osiągnięcia każdego z tych celów. Ponieważ gracz ma przewagę liczebną we wszystkich misjach, ukradkowe podejścia są zwykle najbardziej skuteczne, ale każdy gracz może wybrać, w jaki sposób chce grać w trybie misyjnym. Poziomy trudności są ustalane na początku każdej gry, a wycinane sceny poprzedzają i śledzą każdą misję, aby opowiedzieć historię gry.
