W sumie Japonia ma 6 852 wyspy. Ta definicja obejmuje jednak tylko wyspy o obwodzie 100 metrów lub większym; mniej restrykcyjna definicja prowadziłaby do dużo większej liczby, podczas gdy bardziej restrykcyjna prowadziłaby do mniejszej liczby. Tylko 430 wysp japońskich jest zamieszkanych.
Większość ludzi w Japonii mieszka na czterech wyspach: Hokkaido, Honsiu, Shikoku i Kyushu. Spośród nich Honsiu jest największym i najludniejszym z szerokiego marginesu; to także siódma co do wielkości wyspa na świecie, o łącznej długości 810 mil. Jedna z najmniejszych wysp w Japonii, Aogashima, liczyła w 2009 roku zaledwie 205 osób, w tym 25 studentów.
