Postęp gracza jest automatycznie zapisywany na końcu każdego rozdziału lub poziomu "Indiana Jones" na Wii. Gracze nie mogą ręcznie zapisać gry.
Podczas automatycznego zapisywania ikona czapki jest wyświetlana w prawym dolnym rogu ekranu. Kapelusz znika po zakończeniu zapisywania. Gra jest przechowywana na wolnych blokach lub w pamięci na Wii lub na karcie pamięci. Wszelkie postępy dokonane przed osiągnięciem końca rozdziału lub poziomu zostaną utracone, jeśli poziom nie zostanie ukończony.
Gracze mogą załadować zapisaną grę, wybierając opcję ładowania z głównego menu.
