Najważniejszą zaletą spersonalizowanego oprogramowania jest to, że jest on dostosowany do konkretnych potrzeb użytkowników. Firma nie musi dostosowywać swoich procesów, aby w pełni korzystać z oprogramowania. Dostosowane oprogramowanie jest bardziej skalowalne niż gotowe pakiety oprogramowania. Oszczędza również pieniądze na koszt nabycia sprzętu.
Dostosowane oprogramowanie jest specjalnie zaprojektowane do potrzeb danej firmy. Tego typu oprogramowanie może pomóc w ochronie firmy przed zagrożeniami zewnętrznymi. Powszechnie używane oprogramowanie z półki jest podatne na włamania. Z drugiej strony spersonalizowane oprogramowanie może być mało prawdopodobnym celem dla hakerów, ponieważ może wymagać znacznie więcej wysiłku, aby zrozumieć, jak złamać system. Dostosowane oprogramowanie jest bardziej kompatybilne z istniejącymi systemami. Jest raczej mało prawdopodobne, że wiele gotowych pakietów oprogramowania będzie doskonale działało bez żadnych problemów. Użytkownicy mogą utrzymywać niestandardowe aplikacje, o ile są one wymagane do użycia. Z gotowymi pakietami oprogramowania, z drugiej strony, firma jest na łasce twórców oprogramowania lub dostawców. W przypadku, gdy twórcy oprogramowania przestaną działać lub zdecydują się nie utrzymywać produktu, użytkownik jest zmuszony do przejścia na oprogramowanie.
