Japonia ma ponad 130 różnych ssaków lądowych, 600 gatunków ptaków i różnych gadów, ryb i owadów. Znaczna część Japonii zawiera zalesiony teren górzysty, który nie został opracowany dla ludzi.
Japonia ma wiele wyjątkowych zwierząt, w tym tanuki, koty Tsushima leopard, syberyjskie wiewiórki i serow. Japońskie makaki lub śnieżne małpy to jedne z najbardziej zapadających w pamięć zwierząt w Japonii. Pochodzą z kraju i są jedynym prymasem, który żyje tak daleko na północy.
Spośród 600 gatunków ptaków w Japonii tylko kilka gatunków jest endemicznych. Należą do nich
- Zielony bażant
- Miedziany bażant
- Dzięcioł japoński
- Izu drozd
- Bonin white-eye
- Szyna Okinawa
Prawie połowa z 73 gatunków gadów występujących w Japonii ma charakter endemiczny. Należą do nich jadowite żółwie morskie i nie jadowite żółwie słodkowodne, różne jadowite i nie jadowite węże, jaszczurki, skinki i salamandry.
W Japonii znajduje się ponad 3000 gatunków ryb, które zawierają zarówno morskie, jak i słodkowodne odmiany. Japoński tajmon znajduje się zarówno w rzekach, jak i oceanach otaczających Hokkaido i jest gatunkiem krytycznie zagrożonym.
Japonia jest także domem dla gigantycznego szerszenia, który jest największym szerszeniem na świecie. Inne owady obejmują wiele odmian występujących w innych częściach świata, w tym cykady, świerszcze i świetliki. Istnieje 190 rodzajów ważek, a także 300 gatunków motyli.
