Głównymi rzekami Puerto Rico są rzeka La Plata, Río Grande de Loíza, rzeka Bayamón i Río Grande de Arecibo. Wszystkie główne rzeki Puerto Rico płyną na północ nad górami do Oceanu Atlantyckiego.
Rzeka La Plata to najdłuższa z rzek, położona w północnej części wyspy. Ma około 60 mil długości. Río Grande de Loíza jest najszerszym i drugim najdłuższym na wyspie, biegnącym przez 40 mil. Rzeka Rio Bayamón biegnie przez gminę Bayamon, która znajduje się w północnej nadbrzeżnej dolinie. Río Grande de Arecibo przepływa także przez północną część wyspy, mijając wąwóz o głębokości 200 metrów i szerokości od 800 do 1200 metrów.
W południowej części wyspy jest mniej rzek, a ich objętość jest zwykle mniejsza i mniejsza niż na północy. Wiele rzek biegnących na południe wysycha przez większą część roku. Puerto Rico nie ma żadnych dużych, naturalnych, wieloletnich jezior, chociaż ma 15 zbiorników, które są określane jako jeziora. Zbiorniki te powstają w wyniku spiętrzenia głównych rzek.
