Podczas gdy w latach 1942-1945 doszło do japońskiej okupacji Republiki Filipin, która była powszechnie urażona przez Filipińczyków, od zakończenia II wojny światowej Japonia była ważnym partnerem handlowym, który pomógł w rozwoju filipińskiej gospodarki . Japonia udzieliła także wsparcia w 1980 r. nowemu rządowi filipińskiemu. Niedawno Japonia udzieliła Filipinom bardzo potrzebnej pomocy w odbudowie po Tajfun Haiyan.
Japończycy najechali na Filipiny 8 grudnia 1941 r. jako strategiczny ruch przeciwko Stanom Zjednoczonym. Inwazja ta rozpoczęła się mniej niż dzień po japońskim ataku na Pearl Harbor i ostatecznie Japończycy utworzyli silną obecność wojskową na Filipinach. Podczas gdy Japończycy obiecywali niepodległość na wyspach po wojnie, większość filipińskich obywateli czuła się urażona okupacją i wielu aktywnie walczyło z Japończykami. Ostatecznie Japończycy poddali się i stracili kontrolę nad Filipinami w 1945 roku.
Od końca wojny i okupacji japońskiej stosunki filipińsko-japońskie stały się silniejsze. Japończycy byli istotnym partnerem handlowym, aby pomóc odbudować i pobudzić filipińską gospodarkę, a Japończycy pomogli w odbudowie filipińskiego rządu w latach 80. XX wieku. Japonia nadal zapewnia Filipinom pomoc humanitarną i gospodarczą, w szczególności w okresie odbudowy po Tajfun Haiyan.
