Dwie zasadnicze różnice między przekonaniami metodystycznymi a prezbiteriańskimi polegają na tym, że metodolodzy odrzucają kalwińską doktrynę predestynacji, podczas gdy prezbiterianie ją akceptują i że kościół metodystyczny jest zorganizowany zgodnie z tradycyjnymi liniami biskupimi, podczas gdy prezbiterianie mają swój własny, unikalny system przywództwa. starsi (lub "prezbiterzy"). W przeciwnym razie te dwa wyznania chrześcijańskie mają wiele takich samych cech.
Akceptacja lub odrzucenie kalwińskiej doktryny o predestynacji jest fundamentalną i dalekosiężną różnicą. Krótko mówiąc, doktryna Jana Kalwina utrzymuje, że tylko niektórzy ludzie są przeznaczeni do zbawienia, podczas gdy reszta jest przeznaczana (lub "oddana" przez Boga) na potępienie.
Innymi słowy, w odróżnieniu od wszystkich innych głównych wyznań chrześcijańskich, prezbiterianie wierzą, że Bóg aktywnie wyselekcjonował ludzi, by odpowiedzieli na jego zaproszenie zbawienia.
Organizacja prezbiteriaństwa jest kolejną ważną różnicą. Starsi są wybierani i wyświęcani na stanowiska władzy od świeckich. Ich rolą jest zatem służenie interesom ich zboru w ramach organu zarządzającego lub "sesji". Kiedy kilka sesji gromadzi się, by dyskutować o sprawach kościelnych, nazywa się je "prezbiterium". Łącznie wiele prezbiterów określa się mianem "synodu". Kiedy spotykają się, aby dyskutować na tematy związane z denominacją, Synody tworzą prezbiteriańskie "Zgromadzenie Ogólne".
