Rzadkie karty Pokemon to pierwsza edycja holograficznej karty Charizard, przedpremierowa holograficzna karta Raichu oraz karta z ilustratorem Pikachu. Karty Charizarda i Raichu zostały wydane w zestawach, a ilustrator Pikachu był karta promocyjna.
Pierwsza karta holograficzna Charizard pojawiła się w pierwszym zestawie kart Pokemon. Bezcieniowa wersja karty, która nie ma standardowego cienia w głównym obrazie, jest rzadszą i bardziej wartościową wersją. Bezcielesne wersje kart o wysokim stopniu kondycji są warte ponad 1000 USD od 2015 roku.
Na przedpremierowej karcie Raichu widnieje słowo "Prerelease" w prawym dolnym rogu głównego obrazu. Tylko osiem kart Raichu ma ten znaczek, dzięki czemu jest wart około 10 000 $.
CoroCoro, czasopismo, które kiedyś sprzedało Pokemona, stworzyło karty Pikachu Illustratora. Dał karty, które mają obraz Pikachu trzymającego pędzel, do zwycięzców konkursu ilustracyjnego na karty Pokemon. Tylko sześć z tych kart istnieje. Niesortowane karty z ilustratorem Pikachu sprzedają się za 20 000 $, a te z wysoką oceną są warte znacznie więcej.
Większość kart Pokemonów ma ikonę rzadkości w prawym dolnym rogu. Ta ikona rzadkości wskazuje, jak często karta pojawia się w zestawach dodatkowych.
