Instytut pogody w Pokémon Emerald znajduje się na trasie 119. Pełni funkcję biura w regionie Hoenn, monitoruje warunki pogodowe w całym regionie.
Gdy gracz dotrze do instytutu po raz pierwszy, gracz odkryje, że został zaatakowany przez drużynę Aqua lub Team Magma, aby uzyskać informacje na temat legendarnego Pokémon Kyogre (Team Aqua) lub Groudon (Team Magma) oraz rzadki Pokemon Castform. Po pobiciu drużyny, która zaatakowała instytut, meteorolog nagrodzi gracza w Castform.
Głównym projektem w Weather Institute jest maszyna pogodowa, która pozwala instytutowi kontrolować pogodę na obszarach w regionie Hoenn. Na pierwszym piętrze znajduje się komputer i łóżko, na którym gracz może odpocząć. Drugie piętro to miejsce, w którym znajdują się stanowiska instytutu, a także obszar, w którym personel jest zaokrąglany przez atakujący zespół.
