"Pokémon Yellow" zawiera wiele sekretów, w tym specjalne Pokemony, ukryte techniki i tajne przedmioty. W przeciwieństwie do "Pokémon Red" lub "Pokémon Blue", możliwe jest zdobycie wszystkich trzech Pokemonów startowych. Aby zdobyć Squirtle, gracze muszą najpierw pokonać Lt. Surge. Potem muszą znaleźć oficera Jenny w środku miasta; ona oferuje potężne wodne Pokémon.
Charmander można znaleźć udając się do Cerulean City i pokonując pięciu trenerów na moście idącym na północ. Po pokonaniu trenerów, gracze mogą udać się na pierwszy kwadratowy chodnik i porozmawiać z tym mężczyzną; porzuca Charmandera. Bulbasaur znajduje się również w mieście Cerulean. Gracze mogą iść do domu obok Pokémon Center, aby spotkać Melanie, która dba o poszkodowanego Pokémona. Jeśli Pikachu jest szczęśliwy, Melanie oferuje graczowi swój Bulbasaur. Jeśli Pikachu nie jest szczęśliwy, gracze mogą dać Pikachu pięć mikstur z rzędu, a następnie ponownie porozmawiać z Melanie.
Aby znaleźć legendarnego Zapdosa, gracze powinni użyć techniki Surf, aby wejść do wody w pobliżu tunelu Rock. Muszą podążać za strumieniem do elektrowni, aby zlokalizować Zapdos w pobliżu wyjścia. Aby znaleźć ukrytą technikę Mimic, gracz musi najpierw kupić Pokédoll w Celadon Mart. Następnie musi udać się do Saffron City i porozmawiać z Copycat, który dzieli tę rzadką technikę. W Celadon City gracze mogą sprawdzić punkt gry, aby znaleźć tajne monety. Mogą jechać dookoła i wielokrotnie naciskać "A", aby znaleźć te monety na podłodze.
