Mega Bloks są ogólnie w pełni kompatybilne z LEGO. Mini Mega Bloks są kompatybilne z Duplo LEGO i standardowe bloki, a ich maxi bloki są kompatybilne z Duplo.
Chociaż są one zgodne, niektóre z nich wskazują, że Mega Bloks są marką niższej jakości w porównaniu do LEGO. Ze względu na niższą jakość niespójności występują w stadninach i dziurach Mega Bloks, które nie zawsze zapewniają odpowiednią zgodność z LEGO. Kompatybilność działa najlepiej, gdy klocki są ułożone bezpośrednio jeden na drugim, w przeciwieństwie do modeli zbudowanych w 3D. LEGO jest uważany za bardziej trwały produkt, ale Mega Bloks są znacznie tańsze.
