Istnieje kilka wad korzystania z ultradźwięków w medycynie, z których jeden jest potencjalnym błędem operatora. Niektóre maszyny produkują obrazy o ograniczonej rozdzielczości.
Ultradźwięki nie można używać do badania jakiejkolwiek części ciała zawierającej gaz, więc nie jest to przydatne narzędzie do diagnozowania problemów płuc i przewodu pokarmowego. Ten rodzaj badań jest również bardzo ograniczony, gdy jest używany do identyfikacji złamań i innych problemów z kościami.
Strona internetowa CancerQuest mówi, że niektóre skany USG mogą dawać fałszywie pozytywne wyniki, powodując, że pacjenci przechodzą biopsje i inne inwazyjne procedury, które nie są konieczne. Ultradźwięki nie są również w stanie wykryć zwapnienia tkanki piersi, co czyni go mniej użytecznym do wykrywania niektórych postaci raka piersi.
