Do głównych zasobów naturalnych Kenii należą rybołówstwo, woda, lasy, tereny podmokłe, różnorodność biologiczna i różnorodne minerały. Do minerałów tych należą wapień, kamienie szlachetne, sól, cynk, gips, ziemia okrzemkowa, wapień i inne.
Baza zasobów naturalnych Kenii jest zagrożona przez działania społeczno-gospodarcze, takie jak rolnictwo, handel, turystyka i osiedla ludzkie. W kraju tym występuje również zanieczyszczenie wody spowodowane przez wytwarzane przez człowieka odpady, kłusownictwo i wylesianie. Stosowanie chemicznych nawozów i pestycydów powoduje również niską jakość wody. Z powodu niewystarczających przepisów dotyczących użytkowania ziemi i zasobów naturalnych, Kenia doświadczyła złego zarządzania zasobami i gruntami, a także sporów o grunty, które doprowadziły do niesprawiedliwości i powszechnego ubóstwa.
Geografia Kenii składa się z niskich równin wznoszących się w góry, które ustępują Wielkiej Dolinie Rowu. Dwie główne rzeki Kenii to Tana i Galana, a płodny płaskowyż leży po zachodniej stronie kraju. Nieco ponad 1 procent ziemi zajmują uprawy trwałe, ale ponad 9 procent to rośliny uprawne.
Kenia ma powodzie w czasie pory deszczowej, a także poważną suszę w innych porach roku. Jest też trochę aktywności wulkanicznej, a większość geologii kraju jest zdominowana przez tektonikę szczelinową wzdłuż Wielkiej Niziny Rowu.
