Joe Scarborough rozwiódł się w styczniu 2013 r., zgodnie z TMZ. Para rozpoczęła postępowanie rozwodowe we wrześniu 2012 r. i zgodnie z warunkami ugody dzielą wspólną opiekę nad swoimi dwoma małe dzieci od października 2015 r.
Joe Scarborough rozwiązał warunki swojego rozwodu ze swoją żoną Susan Waren, zgadzając się na wypłatę Susan na rzecz współmałżonka w wysokości 30 000 $ miesięcznie przez pięć lat, a następnie przez kolejne dwa lata w wysokości 25 000 $ miesięcznie. Para nadal dzieli obłożenie domu małżeńskiego.
Scarborough zaprzecza plotkom o romantycznym związku z Mika Brzezinskim, jego współgospodarzem w "Morning Joe" MSNBC. Była żona Scarborough, Susan, wcześniej pracowała dla byłego gubernatora Florydy Jeba Busha. Przed wspólnym hostowaniem "Morning Joe" Scarborough był kongresmanem USA.
