Zgodnie z działem lotów Wallops Flight Force NASA, dobra rutyna treningu Nautilus to taka, która stopniowo zwiększa obciążenie pracą przy każdej sesji treningowej i na przemian z treningami o wysokiej intensywności z okresami odpoczynku. Treningi powinny rozpoczynać się od największej liczby treningów. grupy mięśniowe i przejść do mniejszych, zaczynając od bioder, nóg i tułowia, a następnie ćwicząc ramiona, talię, dolną część pleców i szyi.
NASZA w Wallops Flight Facility zaleca wykonanie jednego zestawu od czterech do sześciu ćwiczeń dla dolnej części ciała, a następnie jednego zestawu od sześciu do ośmiu ćwiczeń dla górnej części ciała. Każde ćwiczenie powinno być wykonywane na poziomie oporu, który umożliwia od ośmiu do 12 powtórzeń każdego ćwiczenia. Powtórzenia należy wykonywać powoli, płynnie, z dobrą formą i ze stałą siłą. Po osiągnięciu 12 powtórzeń danego ćwiczenia, dodatkowy 5-procentowy opór powinien zostać dodany do następnego treningu. Trening powinien być ograniczony do trzech razy w tygodniu, z zapisami zawierającymi datę, liczbę powtórzeń i poziom oporu każdego treningu.
DailyBurn Tracker sugeruje użycie kilku maszyn Nautilus w dobrej rutynie treningu Nautilus, w tym prasowanie nóg, przedłużanie nóg i zwijanie nóg dla dolnej części ciała. Witryna poleca również prasowanie klatki piersiowej, naciśnięcie ramienia, łopatki (latissimus dorsi), zwinięcie i rozszerzenie triceps dla górnej części ciała, a także rozmieszczenie rzędów kabli i brzuszków dla mięśni rdzenia.
