Projekty mieszane wykorzystują już istniejące zmienne i manipulują drugą zmienną. Jest to również określane jako quasi-eksperymentalny lub naturalny projekt. Pacjenci nie są losowo przydzielani do grup; automatycznie należą do jednej z tych kategorii.
Projekty mieszane są używane, gdy wynik jest dalej rozróżniany przez inną niezależną zmienną. Na przykład, jak szybko biegnie dana osoba, jest również określony przez wiek, płeć i rasę.
Mieszany projekt w psychologii to taki, który zawiera zmienne zarówno wewnątrz, jak i między podmiotami. Jeden taki projekt dostarczony przez Psychology World nazywa się projektem przed-po-kontrolnym, gdzie osobnicy są ich własnymi kontrolami i są porównywane przy użyciu dwóch rodzajów terapii.