Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków kwalifikuje kolagen jako i wstrzykiwalny wypełniacz do skóry i wymienia wiele skutków ubocznych jego stosowania. Kolagen może powodować częste i rzadkie działania niepożądane, które mogą być tymczasowe lub trwałe.
Do częstych działań niepożądanych kolagenu należą: siniak, zaczerwienienie, obrzęk, ból, tkliwość i wysypka. Inne działania obejmują ziarniniaki, infekcje, reakcje alergiczne i martwicę. Kilka rzadkich działań niepożądanych zgłoszono do FDA i udostępniono na ich stronie internetowej. Te rzadkie działania niepożądane obejmowały ruch kolagenu z miejsca wstrzyknięcia do innych obszarów ciała, wyciek materiału w miejscu wstrzyknięcia i nieprawidłowości widzenia. Te działania niepożądane mogą wystąpić, jeśli kolagen jest stosowany w zatwierdzonych lub niezatwierdzonych przypadkach zgodnie z zaleceniami FDA.