W Stanach Zjednoczonych aligatory można znaleźć na południowym wschodzie, w tym w Południowej Karolinie. Można je również znaleźć na Florydzie, w Alabamie, w Georgii, w Mississippi i w Luizjanie.
Aligatory nie mają tolerancji na sól i dlatego znajdują się w środowisku słodkowodnym. Aligatory preferują cieplejsze klimaty i obszary, które mają dużą ilość ofiar, roślinność i błoto. Jednak mogą tolerować ujemne temperatury w wodzie. Aligatory zazwyczaj zamieszkują bagna i mokradła, ale można je również znaleźć w pobliżu rzek lub małych zbiorników wodnych.
Aligatory tworzą nory o głębokości do 20 stóp w brzegach błota. Używają nor lub nor do hibernacji w czasie zimnej pogody.