Bakterie nie produkują antybiotyków; antybiotyki pochodzą ze związku znajdującego się w grzybach lub innym mikroorganizmie. Według Amerykańskich Centrów Kontroli i Prewencji Chorób, niektóre antybiotyki są wytwarzane syntetycznie i nie pochodzą z mikroorganizmów. Antybiotyki są używane do zabijania bakterii, a mianowicie tych, które są szkodliwe i powodują choroby.
Niektóre bakterie są "dobre", co oznacza, że nie są szkodliwe. Bakterie mogą rozwijać oporność na antybiotyki, mutując tak, że antybiotyk nie może już na nie kierować. Oporność na antybiotyki ze strony bakterii jest głównym problemem zdrowotnym na świecie, po części dlatego, że oporne bakterie mogą łatwo przenosić się z człowieka na człowieka.