Chlamydia trachomatis została po raz pierwszy odkryta w oczach orangutanów na wyspie Jawa. Podczas wypraw badawczych na syfilisę naukowcy Ludwig Halberstaedter i Stanislaus von Prowazek zainfekowali orangutany wykwitami spojówkowymi pacjentów z jaglicy i odkryli organizmy, które nazwali Chlamydozoa.
Obaj naukowcy opublikowali pierwszą etiologię Chlamydia trachomatis w 1907 roku. Według Chlamydiae.com, dopiero w 1958 roku inni naukowcy odkryli, że organizm jest bakterią, a nie wirusem.
Według przeglądu okulistyki chlamydia jest najczęstszą chorobą bakteryjną przenoszoną drogą płciową na świecie. Bakterie mogą infekować kilka gatunków zwierząt, oprócz ludzi, i powoduje dwa rodzaje chlamydialnych zakażeń oczu u ludzi.