Nie można wejść do regionu Johto w "Pokémon Green Leaf". Jednak po pokonaniu Elitarna czwórka udając się na kilka wysp zwanych wyspami Sevii.
Na pierwszą wyspę Sevii można dotrzeć po pokonaniu lidera siłowni Cinnabar Island, Blaine. Po tym, jak gracz pokona Elitarną Czwórkę, będzie mógł uzyskać dostęp do każdej Wyspy Sevii. Pokhony pochodzące z regionu Johto można znaleźć na wyspach Sevii, a także jeden z trzech legendarnych psów pokemonów z regionu Johto. Psim Pok ?monem będą Suicune, Entei lub Raikou. Gra wybiera psa, który ma przewagę typu nad Pokemonem, który gracz wybrał na początku gry.
Gracz może zrobić o wiele więcej niż po prostu złapać Johto Pokötona na Wyspach Sevii po pokonaniu Elitarnej Czwórki. Może również udać się na Mt. Ember i odzyskaj szafir ze zbirów Team Rocket lub zdobądź rubin z magazynu zespołu rakietowego. Wejście do jaskini Cerulean jest również odblokowane, więc gracz będzie mógł tam wejść i uchwycić legendarnego Pokémona Mewtwo.
