Drzewa wiśniowe mają bardzo płytki system korzeniowy. Podczas gdy kilka drzew wyrasta z bardzo głębokich systemów korzeniowych, większość ma korzenie, które rosną tylko od 12 do 16 cali - a korzenie czereśni zwykle nie rosną tak głęboko.
Korzenie czereśni mają dwie główne funkcje. Większe korzenie przywiązują drzewo do ziemi i transportują składniki odżywcze i wodę do reszty drzewa. Mniejsze korzenie podajnika pobierają składniki odżywcze i wodę z gleby, a następnie przesyłają ją do większych korzeni. Ponieważ te większe korzenie są płytsze i bardziej pionowe niż wiele innych drzew, mogą powodować uszkodzenia betonu i krajobrazu. Najlepiej sadzić drzewa wiśniowe, gdzie jest dużo miejsca z powodu ich płytkich korzeni.