Szwedzki programista Markus Persson pierwotnie stworzył "Minecraft" jako projekt weekendowy w maju 2009 r. za pomocą prostych narzędzi do kodowania. Zbudował go na podstawie 30-miesięcznego cyklu rozwoju. Persson zatrudnił innych programistów i stworzył studio gry Mojang, aby pomóc w procesie tworzenia, po tym jak zdecydowanie pozytywne słowo w ustach sprawiło, że rozwojowe wersje gry stały się hitem.
Persson, znany także z obsługi Notch w Internecie, został zainspirowany do stworzenia gry "Minecraft" po doświadczeniu wyłaniającej się i głębokiej rozgrywki programu o nazwie "Dwarf Fortress". Zdając sobie sprawę, że "Dwarf Fortress" zawiera prymitywną grafikę postaci ASCII, Persson zdecydował się stworzyć podobną, bardziej interesującą wizualnie grę na otwartym świecie, obracającą się wokół pozornie nieograniczonego wyboru gracza. Ten gatunek gier stał się znany jako gra w piaskownicy ze względu na sposób, w jaki gracze są wirtualnie umieszczani w małym świecie, aby budować wszystko, co tylko mogą sobie wyobrazić.
Persson przesłał wczesne wersje "Minecrafta" na darmowe fora projektowania gier. W ciągu kilku miesięcy kontynuował dodawanie funkcji do programu i zaczął pobierać symboliczną opłatę, aby pobrać to, co nazwał wersją alfa tytułu. W miarę, jak stawał się coraz bardziej popularny, Persson zatrudnił programistów i personel do kontynuowania rozwoju "Minecrafta".
Persson i Mojang kontynuowali rozwój "Minecrafta" przez kolejne dwa lata na rozszerzonym płatnym etapie beta, podczas którego tytuł sprzedał się w 4 milionach egzemplarzy. Zimą 2011 roku Mojang ogłosił, że "Minecraft" jest kompletny i nie zawiera wersji beta, ale studio kontynuowało dodawanie funkcji i iteracji istniejących trybów gry nawet po wydaniu ostatecznej wersji. Wersje "Minecrafta" zostały również przeniesione na konsole, tablety i smartfony, poszerzając bazę graczy.