Pliki BIOS, takie jak ROM1.bin i SCPH1000.bin, należy umieścić w tym samym folderze, w którym przechowywane są pamięci ROM, aby PS2emu działało. Aby emulator mógł działać, wymagane są BIOS-e. BIOS oznacza "podstawowy system wejścia /wyjścia" i są one używane nie tylko w emulatorach PS2.
Dla emulatorów PS2 dostępnych jest wiele plików BIOS. Obejmuje to SCPH1000.bin, SCPH100.bin i SCPH7003.bin. Gracze potrzebują tylko jednego z tych plików, aby emulator PS2 działał. Każdy plik BIOS jest powiązany z innym regionem, w którym PS2 zostało wydane. Na przykład SCPH1001.bin jest plikiem BIOS dla PS2, który został wydany w Ameryce, podczas gdy SCPH1000.bin i SCPH7003.bin są odpowiednio dla wersji japońskiej i europejskiej.