Lewy przycisk jest głównym przyciskiem myszy i służy do wykonywania typowych zadań, takich jak wybieranie poleceń menu, rozwijanie menu i dwukrotne kliknięcie. Podwójne kliknięcie wykonuje się, gdy lewy przycisk myszy jest naciskany dwa razy szybko, zwykle około pół sekundy. Podwójne kliknięcie służy głównie do otwierania skrótów do ikon na pulpicie i innych oknach.
Naciśnięcie i przytrzymanie lewego przycisku myszy pozwala użytkownikom przesuwać elementy po ekranie lub zaznaczać tekst. Przeciąganie i upuszczanie służy głównie do przenoszenia folderów i plików do różnych lokalizacji. Ta sama czynność jest również stosowana podczas zmiany rozmiaru obiektów.
Prawy przycisk myszy służy głównie do otwierania menu kontekstowych. Kółko przewijania to inny typ przycisku myszy, który zawiera małe kółko, które można obrócić, aby zapewnić wejście. Służy głównie do przewijania długich dokumentów w górę iw dół. W połączeniu z klawiszem Ctrl można go powiększać i pomniejszać.
Inne aplikacje, takie jak gry wideo, mogą używać przycisków myszy do innych funkcji, na przykład do strzelania z broni w strzelance FPS. Ustawienia myszy można konfigurować zgodnie z osobistymi potrzebami i preferencjami. Na przykład użytkownicy leworęczni mogą zmienić główny przycisk myszy na prawy przycisk.