Główną różnicą między AGP i PCI jest to, że PCI, lub karty połączeniowe komponentów peryferyjnych, mają dostęp tylko do wbudowanej pamięci na karcie, podczas gdy AGP lub karty portów graficznych przyspieszonych mają dostęp do pamięci systemowej w celu do obsługi złożonych operacji, takich jak mapowanie tekstury. Gniazdo AGP zapewnia karcie graficznej bezpośredni dostęp do procesora za pośrednictwem dedykowanej magistrali, zapewniając jej większą przepustowość niż PCI.
Gniazda AGP mają także dedykowany kanał punkt-punkt, który zapewnia kontrolerowi graficznemu bezpośredni dostęp do głównej pamięci systemowej podczas przetwarzania grafiki. Dzięki tym rozszerzeniom karta graficzna AGP działa znacznie szybciej niż karta PCI.
Kolejną różnicą między tymi dwoma jest to, że PCI jest magistralą, podczas gdy AGP jest portem, ponieważ łączy dwa węzły. PCI i AGP różnią się również pod względem minimalnych wymagań dotyczących wyrównania i długości transakcji. Transakcje PCI są wyrównane na 4 bajtowych granicach i muszą być wielokrotnościami 4 bajtów, podczas gdy transakcje AGP są wyrównane na 8 bajtowych granicach i muszą być wielokrotnościami 8 bajtów. Gniazda PCI i AGP różnią się rozmiarem. Oznacza to, że karty PCI nie pasują do gniazd AGP i na odwrót. Każdy z systemów graficznych ma własne dedykowane połączenie.
