Główną różnicą między systemem zarządzania bazą danych lub systemem DBMS a relacyjnym systemem zarządzania bazami danych, RDBMS, jest to, że aplikacje DBMS przechowują dane jako pliki, a aplikacje RDBMS przechowują dane w tabelach. DBMS to skłonność do nadmiarowości danych. W RDBMS każda tabela ma unikalny identyfikator znany jako "klucz podstawowy"; zmniejsza to liczbę nadmiarowości danych.
Dane mogą być przechowywane w DBMS w formie nawigacyjnej lub hierarchicznej. Każda pojedyncza jednostka danych zwykle ma węzeł nadrzędny i jeden lub więcej węzłów potomnych. Dostęp do danych jest wolniejszy w przypadku dużych i złożonych ilości danych. Zarówno dane, jak i związek między wartościami danych w RDBMS są przechowywane w formie tabelarycznej. Ułatwia to i przyspiesza dostęp do danych przechowywanych w relacyjnej bazie danych. Dane przechowywane w systemie są również logicznie i fizycznie niezależne.
Relacyjne bazy danych obsługują integralność danych, zaawansowane funkcje zapytań, bezpieczeństwo baz danych i niezależność strukturalną, podczas gdy DBMS tego nie robi. System zarządzania relacyjnymi bazami danych to udoskonalona wersja systemu DBMS.
Większość aplikacji baz danych jest zgodna zarówno z RDBMS, jak i DBMS. Oznacza to, że mogą one przechowywać bazy danych zarówno w postaci tabelarycznej, jak i relacyjnej, w formie i formie pliku. Model RDBMS jest bardziej idealny do przechowywania dużych ilości danych.