Ponieważ jest pokemonem typu rock /latającego, Aerodactyl ma naturalne słabości do skał, stalowych, wodnych, lodowych i elektrycznych ataków. Te elementy zadają dwukrotnie większe obrażenia niż pokemonowi, który zerowy opór i zero słabości do nich.
Aerodactyl ma wysoką naturalną obronę, ponieważ jest to rodzaj skały. Dodatkowo bycie typem latającym daje mu całkowitą odporność na ataki naziemne. Ta kombinacja sprawia, że jest to jeden z niewielu typów latających o bardzo dobrej ogólnej obronie i dużej ilości odporności, ale większość typów, takich jak wróżka, ciemność i psychika, które wyrządzają pełne obrażenia są równie liczne i sprawiają, że Aerodactyl jest podatny na status dolegliwości.
