Strona domowa PubMed dostarcza informacji o liczbie cytowanych przez siebie cytatów, a także o przykładach literatury, którą oferuje, oraz z jakiej encji zbierana jest literatura. Pod nagłówkiem Korzystanie z PubMed znajdują się linki do przewodnika szybkiego startu, pełne artykuły, najczęściej zadawane pytania, samouczki i narzędzie do wyszukiwania prób klinicznych. Dodatkowe informacje na stronie głównej zawierają adres National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine USA.
Pod nagłówkiem PubMed Tools znajdują się linki o nazwach PubMed Mobile, Single Citation Matcher, Batch Citation Matcher, Clinical Queries i Zapytania tematyczne. Nagłówek Więcej zasobów zawiera linki do bazy danych MeSH, czasopism bazy danych NCBI, programów Entrez Programming Utilities i LinkOut.
Nagłówek "Pierwsze kroki" na dole strony głównej zawiera linki do informacji w Centrum Informacji o Biotechnologii, podręcznika pomocy NCBI i podręcznika NCBI. Dostępny jest również odsyłacz do szkoleń i tutoriali, a także link do przesyłania danych.
W rubryce Zasoby użytkownicy znajdują linki o nazwach Chemikalia i Bioassays, Data & Oprogramowanie, DNA & RNA, Domeny & Struktury i geny & Wyrażenia. Genetics & Medycyna, genomy i Mapy, Homologia, Literatura i Proteiny to dodatkowe linki.
Strona domowa PubMed zawiera link do pisania punktu pomocy w prawym dolnym rogu. Link kontaktowy znajduje się w lewym dolnym rogu.
