Niektóre fakty dotyczące historii czarnego kościoła są takie, że historycy uważają, że przywódcy kościelni założyli głównie czarne kościoły już w 1700 roku i że tylko kilka denominacji czarnych kościołów istniało do czasu amerykańskiej wojny domowej. Po wojnie secesyjnej wielu Murzynów przyłączyło się do kościołów baptystów.
Jednym z pierwszych czarnych kościołów był Kościół Metodystyczny Episkopatu Afryki. Kościół zaczął się jako odnoga Kościoła Metodystów George'a w Filadelfii. Podobnie Kościół Syjonu rozpoczął się w 1801 r. Jako odnoga odseparowanego kościoła w Nowym Jorku. Pierwsze czarne kościoły w Stanach Zjednoczonych rosły na północy, podczas gdy większość Czarnych mieszkała na południu.
Na południu wielu czarnych dołączyło do kościołów baptystycznych podczas i po wojnie domowej. W 1867 roku czarni w Wirginii założyli kościół, który później utworzył Narodową Konwencję Baptystów w USA. Wkrótce nastąpiło kilka innych odgałęzień kościołów baptystycznych, a denominacje baptystyczne nadal stanowią dużą część czarnych kościołów. Oprócz kościołów baptystycznych czarny udział w katolicyzmie również wzrósł po wojnie domowej.
