Istnieje wiele kodów GameShark dla Metroid Fusion na Game Boy Advance, według BS Free. Aby wprowadzić te kody, kaseta z grą musi zostać włożona do urządzenia GameShark, a następnie wstawiona do Game Boy Advance. Najpierw wprowadź kod aktywacyjny: "00000F6D 000A" i "100008B4 0007". Wprowadzenie tych kodów pozwala aktywować wszystkie inne kody.
Aby włączyć kod niewrażliwości, wpisz "33001249 0001". To powoduje, że Samus unika obrażeń podczas gry. Zatrzymaj licznik zdarzeń, wpisując "830008D8 00DA". Szybsze ujęcia można włączyć, wpisując "3300124E 0000". Ten kod pozwala Samusowi wykonywać szybkie strzały ognia bez przerw między ostrzałem.
Kod "83001252 A001" umożliwia szybką pracę, pozwalając Samusowi na pracę z maksymalną prędkością bez zmęczenia. Aby włączyć skok księżyca, wprowadź "74000130 03FE" i "83001260 0040". Skok księżycowy daje Samusowi drastyczne zwiększenie wysokości skoku. W przypadku nieskończonych pocisków wpisz "83001314 03E7." Aby uzyskać maksymalną, ale nie nieograniczoną liczbę pocisków, wpisz "83001316 03E7." Kod "33001318 0063" uzbraja Samusa w nieskończoną liczbę super bomb.
Jeśli gracz poszukuje dodatkowej gry, może zmienić wszystkie pociski i bomby o kodzie "3300131B 0000". Odblokuj wszystkie bronie, kombinezony i specjalne zdolności, zanim uzyskasz je normalnie, wpisując "4300131A FFFF" i "00000003 0002". Wpisz "820382E4 0000", aby zawiesić timer w grze i ustawić go na 00:00.
