Niektóre z naturalnych roślinności w Peru obejmują jednoliścienne, dwuliścienne, rośliny poduszkowe, takie jak Oxychloe andina, drzewa takie jak Buddleja coriacea i łąki, takie jak Blechnum loxense. Około 40 procent ziemi w Peru jest pokryte przez Andy. W pozostałej części kraju znajdują się lasy i dżungle regionu Amazonki.
Szacuje się, że w kraju żyje 21 462 gatunków, z czego 5855 jest endemicznych dla Peru. Jednym z głównych ekoregionów w Peru jest Centralny Region Andyjskiej Mokrej Puna, który znajduje się w Andach w Peru i Boliwii. Szacuje się, że w tym regionie Peru znajduje się od 1000 do 1500 roślin naczyniowych. Monocylutons stanowią około 40 procent roślinności. Gigantyczna roślina Puya raimondii rośnie niedaleko Huarez i jest uważana za jedną z najbardziej znanych roślin w Peru.
Na terenach podmokłych Andów naukowcy odkryli roślinę Senecio Sanmarcosensis, nieznaną przed 2009 rokiem. Kaktusy rosną wzdłuż wybrzeża Peru i Wyżyny. Inna roślinność występująca w Peru obejmuje storczyki, mech, palmy, rośliny baldaszków i ichu grass.
