Rzeka Nil i sąsiednie jeziora są domem dla ponad 100 gatunków ryb, w tym okonia, suma i tilapii. Tilapia i okoń są popularnymi rybami spożywczymi z szybkimi cyklami reprodukcyjnymi. Nilowe sumy żyją na dnie rzeki i są jadalne, ale nie są popularne w wielu kulturach, ponieważ jedzą martwe i umierające ryby i inne materiały, które opadają do koryta rzeki.
Okoń nilowy to agresywne drapieżniki. Dorosłe osobniki są srebrne z cienkim niebieskim paskiem po obu stronach. Często mają ponad 5 stóp długości i ważą ponad 300 funtów. Te zadziwiające ryby są popularne wśród wędkarzy sportowych i są ważnym elementem branży turystycznej w dorzeczu Nilu i wokół niego.
Srebrne cyprydy są również bogate w ekosystem Nilu. Ryby o płetwiastym kształcie żyją w Jeziorze Wiktorii, jednym z największych i najważniejszych źródeł Nilu. Cyprinidy są nocne i przyciągają luminescencyjne przynęty, szczególnie w pochmurne noce lub bezksiężycowe noce. Ryby te są jednym z najważniejszych źródeł białka dla ludzi w Ugandzie, Tanzanii i Kenii.
Wiele innych zwierząt żyje również w Nilu i wzdłuż jego brzegów. Należą do nich hipopotamy i nosorożce. Hipopotamy są szczególnie przerażające z powodu ich ekstremalnej agresji wobec ludzi, niezwykłej prędkości biegu i niezwykle potężnych szczęk.
