Kościoły baptystów chrzczą ludzi, którzy wcześniej byli ochrzczeni jako dzieci, podczas gdy kościoły katolickie tylko raz chrzczą ludzi. Ponieważ kościoły baptystyczne są protestantami, ich wyznawcy wierzą, że ludzie mogą stanąć przed Bogiem bez potrzeby centralnego autorytetu. Z drugiej strony kościoły katolickie wymagają od ludzi odpowiedzi na władzę kościoła poprzez praktyki takie jak spowiedź.
Baptyści to biblijni literaliści, co oznacza, że wierzą, że Biblia jest dosłownie prawdziwa i historycznie dokładna. Katolicy różnie interpretują Biblię, wierząc, że chociaż jest ona inspirowana przez Boga, zawiera pewne nieścisłości i powinna być interpretowana w kontekście, w jakim została napisana.
Niektóre kościoły katolickie mają inne przekonania, że baptyści nie uczestniczą, takie jak przekonanie, że Dziewica Maryja została przyjęta do nieba i że Papież reprezentuje linię autorytatywną wracającą do apostoła Piotra.
Różnice między naukami katolickimi a baptystycznymi wynikają z reformacji w XVI wieku. W wyniku reformacji protestanckie denominacje odrzuciły władzę Papieża i wprowadziły własne nauki. Inna różnica między katolickimi i protestanckimi denominacjami leży w ich poszczególnych koncepcjach zbawienia. Wyznawcy protestanccy zazwyczaj uważają, że zbawienie jest pojedynczym momentem, w którym osoba wchodzi w życie chrześcijańskie, podczas gdy katolicy postrzegają zbawienie jako ciągły proces, wierząc, że ludzie otrzymują Łaskę, uczestnicząc w życiu Kościoła przez całe życie.
