Ograniczony dostęp do wysokiej jakości technologii, słaba znajomość obsługi komputera, izolacja społeczna i potrzeba samodyscypliny to wady lub potencjalne problemy z wirtualnymi środowiskami nauczania. Ponieważ kursy online są prowadzone przez technologie komputerowe i Internet dostęp, osoba bez tych możliwości stanowi wyzwanie dla skutecznego uczenia się.
Chociaż elastyczne planowanie jest główną zaletą nauki online, niezdolność do samodzielnego planowania i regulowania wydajności jest dla niektórych wada. Studenci, którym brakuje motywacji i samodyscypliny, zazwyczaj zmagają się bardziej w środowisku wirtualnego uczenia się niż w tradycyjnej klasie. Nie ma nauczycieli i rówieśników w stanie oferować regularne przypomnienia o zadaniach, projektach i testach. Uczniowie muszą nadrobić zaległości i poświęcić wystarczająco dużo czasu na ukończenie zajęć klasowych i zajęć poza klasą.
Ograniczona interakcja instruktora i izolacja od grupy uczącej się są również wadami. Instruktorzy zazwyczaj próbują komunikować się za pośrednictwem poczty elektronicznej lub wirtualnego narzędzia do nauki. Jednak trudniej jest zapewnić właściwe słuchanie i rozumienie z dystansu. Interakcja i feedback za pośrednictwem narzędzi wirtualnych trwa dłużej niż w przypadku tradycyjnej wymiany twarzą w twarz. Izolacja społeczna może stanowić wyzwanie dla uczniów, którzy dobrze radzą sobie z codzienną interakcją z rówieśnikami i nieformalnym komfortem, który towarzyszy tradycyjnej klasie.
