Niektóre zalety oprogramowania na zamówienie to fakt, że produkt można dostosować do specyficznych potrzeb firmy w sposób niedostępny dla oprogramowania na półce, chociaż może to przełożyć się na oprogramowanie na zamówienie, które jest droższe niż oprogramowanie - alternatywne półki. Dodatkowo oprogramowanie na zamówienie jest często bardziej intuicyjne w użyciu niż powszechnie dostępne gotowe rozwiązania.
Kolejną zaletą oprogramowania na zamówienie jest możliwość efektywnej, przyszłościowej zawartości, ponieważ w razie potrzeby można wprowadzić ulepszenia i ulepszenia. Standaryzowane, ogólnie dostępne pakiety oprogramowania muszą czekać, aż programista wyda aktualizacje, co często może zająć trochę czasu, a firma będzie w niekorzystnej sytuacji, dopóki aktualizacje nie zostaną wdrożone.
Znalezienie niezawodnego i efektywnego programisty dla oprogramowania na zamówienie może jednak być czasochłonne, a czasami trudne. Korzystanie z gotowego oprogramowania oznacza, że firma może zostać uruchomiona znacznie szybciej, jeśli wybór programisty na zamówienie okaże się długim procesem.
Ponadto tworzenie oprogramowania na zamówienie może zająć trochę czasu. Posiadanie dopasowanego oprogramowania do specyficznego podejścia biznesowego lub branży może być skuteczne na dłuższą metę, jednak tę przewagę można zlikwidować w długim cyklu rozwoju. Ze względu na wyższe koszty może być trudniej zrobić przypadek zarządzania oprogramowaniem na zamówienie.