Owady, takie jak mszyce, muszki i porcelanowe ćmy, uwielbiają jeść liliowce. Moth z Chin jest głównym szkodnikiem lilii wodnej. Inni konsumenci poduszek lilii to żółwie, niektóre gatunki koi oraz ślimaki Pond i Apple.
Oprócz zwierząt i owadów, lilie wodne są również podatne na zgniliznę korony, bardzo zaraźliwą. W porównaniu do roślin lądowych, takich jak róże i warzywa, podkładki lilii są znacznie bardziej odporne i łatwiejsze w uprawie. Większość problemów z liliowymi podkładkami jest powierzchowna, nie powoduje trwałych szkód i może być łatwo kontrolowana lub unikana. Przyjazne dla środowiska czynniki biologiczne, takie jak ziemia okrzemkowa, doskonale sprawdzają się w zapobieganiu większości z tych problemów.
