Do głównych rzek Madagaskaru należą rzeki Betsiboka, Tsiribihina, Mangoky i Onilahy, które zaczynają się na wschodnich wyżynach i płyną na zachód w kierunku Kanału Mozambickiego. Wiele z tych rzek płynie przez żyzne doliny i zapewnia wiele nawadniania wysp dla upraw. Najdłuższa rzeka na Madagaskarze to Betsiboka, która płynie na wschód od Antananarivo, stolicy i największego miasta.
Rzeka Betsiboka regularnie wpływa do portu Mahajanga na północnym wybrzeżu Madagaskaru. Ze względu na wiek ekstensywnego wylesiania i ulewnych deszczy na początku XXI wieku ujście rzeki Betsiboka uległo ogromnej erozji. Czerwony muł został przeniesiony z gór i pagórków na wybrzeże z tropikalnymi deszczami. Erozja nasiliła się, gdy Tropical Cyclone Gafilo uderzyło w Madagaskar w 2004 roku. Statki oceaniczne były kiedyś w stanie podróżować w górę Betsiboki, ale ogromne ilości mułu ograniczają teraz ogromne jednostki z podróży w górę rzeki.
Zachodnie rzeki Madagaskaru poruszają się wolniej i rozpościerają między kilkoma dolinami rzek. Rzeki wschodniego wybrzeża szybują z wyżyn na Ocean Indyjski. Kilka wschodnich rzek posiada wodospady, które wpływają do Oceanu Indyjskiego.
Duże rzeki, takie jak Betsiboka, Ikopa i Mangoky, osuszają setki tysięcy mil kwadratowych basenu. Baseny te są odpowiedzialne za główne uprawy, drzewa mangrowe i lasy tropikalne.
