Wczesne portugalskie odkrywcy nadali Madagaskarowi swoją nazwę z powodu raportów Marco Polo o wyspie o tej nazwie, chociaż najprawdopodobniej nie była to ta sama wyspa. Rodowici mieszkańcy Madagaskaru nazywani są Madagaskarami.
Pierwszą europejską nazwą nadaną Madagaskarowi był święty Lawrence. Podarował je portugalski odkrywca Diogo Dias, który przypadkiem odkrył wyspę. Madagaskar najprawdopodobniej był niezamieszkany aż około 2500 lat temu, kiedy osadnicy z Indonezji i wschodniej Afryki podróżowali na wyspę i zawierali małżeństwa. Brytyjscy, holenderscy, portugalscy i francuscy odkrywcy próbowali założyć kolonie na Madagaskarze, ale żaden nie odniósł sukcesu, więc otaczające je wody stały się powszechnym celem piractwa.