Francisco Pizarro odkrył i podbił Imperium Inków, które później stało się krajem Peru. Kiedy założył pierwszą osadę z Hiszpanii w Peru, San Miguel de Piura, przywódca Inków Atahualpa nie zaakceptował obecność Hiszpanów. W wyniku tego wybuchła bitwa pod Cajamarcą, a Pizarro zakończył pojmanie, a ostatecznie wykonanie, Atahualpa. W obecności tej próżni przywództwa Pizarro mógł łatwo wziąć Cuzco, stolicę Inków i zdobyć cały Peru dla Hiszpanii.
Podbój Pizarro o podbój Meksyku i Cortezów odbył się mniej więcej w tym samym czasie. Osiągnięcia Pizarro były postrzegane jako bardziej znaczące, ponieważ przyniósł mniej bojowników, wziął na siebie większe armie i był dalej od hiszpańskich placówek zaopatrzeniowych, które dawały cenne zaopatrzenie, broń i ludzi do walki. Pizarro został zamordowany przez syna swojego byłego przyjaciela, Diego Almagro, którego Pizarro stracił po serii kłótni i krwawej Bitwie Las Salinas. Po jego odejściu, jego rodzina wzniosła pałac na jego cześć na Plaza Major w Truillo. Nawet dzisiaj pozostaje tematem kontrowersji w Peru, ponieważ wielu postrzega go jako przyczynę zniszczenia dużej części rdzennego języka, kultury i religii w tym kraju.