Pomidory, które gniją na dnie podczas wzrostu, cierpią na zgniliznę owocu, która pochodzi z wielu różnych niedoborów, zarówno wewnątrz, jak i na zewnątrz pomidora. Niedobór wapnia, nadmiar nawozów azotowych, nadmierne zasolenie, ekstremalne pH gleby i uszkodzenia korzeni są wszystkie możliwe przyczyny.
Gdy gniotą koniec kwiatka na danym pomidorze, jest nieodwracalny dla tego kawałka owocu, ale reszta rośliny jest wciąż możliwa do odzyskania. Pierwszy krok polega na usunięciu wszystkich pomidorów, które mają zgniliznę i upewnieniu się, że roślina dostaje co najmniej cala wody tygodniowo. Woda zapewnia, że cała roślina pomidora dostaje wapń.
Następnym krokiem jest ściółkowanie pod rośliną po usunięciu zgniłych; to również pomaga, ponieważ dodaje warstwę ochronną pomiędzy pomidorami i ziemią. Idealne pH gleby dla rośliny pomidora wynosi 6,5, a gleba zbyt kwaśna lub zasadowa prowadzi również do gnicia korzeni. Chochoł chroni również pomidory przed zbyt dużą ilością soli. Niektórzy ogrodnicy sugerują zakup suplementu wapnia dla gleby, ale zapewnienie wystarczającego podlewania i zapewnienie pomidorom bariery przeciw glebie ogólnie rozwiązuje problem bez suplementów.