Matka Teresa urodziła się Gonxha Bojaxhiu, córka Drondy i Nikoli Bojaxhiu. Jej rodzice mieli w sumie pięcioro dzieci; była jedną z trzech osób, która przeżyła i była najmłodsza. Matka Teresa miała starszego brata o imieniu Lazar i starszą siostrę o imieniu Aga, a cała rodzina mieszkała w jednym z dwóch domów należących do jej ojca. Mimo powszechnego przekonania Matka Teresa nie dorastała biednie.
Rodzina mieszkała w Skopje w Jugosławii i była pochodzenia albańskiego. Rodzina była pobożnymi katolikami i była głęboko zaangażowana w miejscowy kościół. Ojciec Matki Teresy prowadził własną działalność budowlaną i odniósł wielki sukces. Jednak gdy miała zaledwie 8 lat, jej ojciec zmarł nagle. Według biografii spekulowano, że ojciec Matki Teresy został otruty przez politycznych wrogów, ale nikt nie wie na pewno, jak umarł.
Po śmierci ojca Matka Teresa bardzo zbliżyła się do swojej matki. Matka nauczyła ją być silną, współczującą i głęboko zaangażowaną w pomaganie innym, zwłaszcza biednym. Matka Teresy traktowała wszystkich z miłością i dobrocią, a ona przejawiała wszystkie cechy, które ostatecznie zaszczepiła w jej córce. Matka Teresa opuściła dom w wieku 18 lat, aby zostać misjonarzem i nigdy już nie zobaczy swojej matki.