Bobby Jones miał żonę, Mary Rice Jones i troje dzieci, Roberta Jonesa III, Mary Ellen i Clara. Syn Bobby'ego Jonesa, Robert III, zmarł w wyniku śmiertelnego ataku serca zaledwie dwa lata po tym, jak Bobby Jones zmarł na syringomyelię kręgosłupa.
Jones ma również wnuka o imieniu Robert Tire Jones IV. Robert Jones IV ma dzieci, ale jego najstarszy syn zmarł nagle. Robert Jones IV ma tytuł magistra w zakresie boskości i doktorat z psychologii. Uprawia psychologię w pobliżu Atlanty.
Jones był pobożnym baptystą i uczył niedzielnej szkoły, ale jego żona była gorliwą katoliczką. Para wychowała dzieci w wierze katolickiej, ale Robert III ożenił się z metodystą, jak twierdzi magazyn Faith. Bobby Jones ożenił się z Mary Rice w 1924 roku. Robert Jones III grał w golfa i wygrał Atlanta City Championship.
