Gry PS2 nie mogą być odtwarzane w systemie PS3 40 GB. Chociaż niektóre modele PS3 są kompatybilne z oprogramowaniem PS2, system gier 40 GB nie jest jednym z nich.
Modele gier PS3 o pojemnościach 20 GB, 60 GB i 80 GB są kompatybilne z grami PS2. Wszystkie inne modele PS3 nie zezwalają na grania w gry PS2 w systemie, ponieważ rezygnacja z silnika Emotion i pełnego układu PS2 jest wymagana. Chociaż pierwsze trzy modele PS pozwalają na gry PS2, Sony zaprzestało włączania kompatybilności PS2 w przyszłych modelach ze względu na większy wpływ kosztów.