Według WebMD penicylina nie jest powszechnie przepisywana jako lekarstwo na bakteryjne zapalenie pochwy. Antybiotyki, takie jak klindamycyna, metronidazol i tinidazol niszczą bakterie, które powodują bakteryjne zapalenie pochwy.
Niektóre antybiotyki stosowane w leczeniu bakteryjnej pochwy mogą być przyjmowane doustnie lub do pochwy w postaci kremu, żelu lub czopka. Lekarstwa dopochwowe są korzystne, ponieważ powodują mniej ogólnoustrojowych działań niepożądanych niż doustne leki, zgodnie z WebMD. Kobiety w ciąży, szczególnie te o wysokim ryzyku porodu przedwczesnego, radzą unikać leczenia dopochwowego. Bakteryjne zapalenie pochwy często powraca po leczeniu, więc czasami lekarze przepisują leki przez dłuższy czas, aby zapobiec nawrotom.