Epos o Gilgameszu ma kilka moralnych motywów, ale głównym tematem jest to, że miłość jest siłą motywującą. Inne moralne tematy w tym eposie to nieuchronność śmierci i niebezpieczeństwo obcowania z bogami .
Miłość w przyjaźni Enkidu i Gilgamesza inspiruje ich do bycia lepszymi ludźmi na różne sposoby. Gilgamesz był w stanie wyciągnąć Enkidu z jego egocentrycznych sposobów i zainspirować Enkidu do szlachetności. Z kolei Enkidu sprawdza niepokój Gilgamesza i motywuje Gilgamesza, by powstrzymał jego znęcanie się i tyranię, pozwalając mu stać się lepszym bohaterem i królem. Ich połączenie pozwala Gilgameszowi na nawiązanie kontaktu z potrzebami jego ludu.
Brak romantycznego zainteresowania kobiet tą epopeją nie oznacza, że miłość erotyczna nie odgrywa żadnej roli. Edukacja Enkidu zaczyna się od jego inicjacji seksualnej przez nierządnicę świątynną. To właśnie zaczyna się kłopoty dwóch bohaterów, ponieważ zbiega się to z dezaprobatą Isztar, bogini miłości. Dopiero gdy Gilgamesz zrozumie, że jego miejsce jest na ziemi, Isztar powraca na swoje miejsce honoru.
Kolejna wspaniała lekcja, której uczy się Gilgamesz, jest nieuniknioną prawdą o ludzkiej śmierci. Nie znosi nieśmiertelności bogów, a kiedy Enkidu umiera bolesną śmiercią, Gilgamesz staje się jeszcze bardziej przerażony myślą o swojej własnej śmierci. Jego druga misja w Utnapisztim, próba ucieczki od śmierci, uczy go, że pomimo śmierci ludzi, ludzkość nadal żyje.
Zarówno Gilgamesz, jak i Enkidu dowiadują się, że bogowie są niebezpieczni, ponieważ mogą zachowywać się emocjonalnie i irracjonalnie. Dzięki wielkiej powodzi dowiadują się, że działania bogów nie mogą być zrozumiane przez ludzi. W Mezopotamii pobożność i szacunek dla bogów nie są zobowiązaniami, lecz raczej praktycznym uznaniem siły natury i przypomnieniem roli ludzkości w szerszym planie rzeczy.
