Eubakterie i archaebakterie mają kilka kluczowych różnic biologicznych, przede wszystkim w błonie i strukturze ścian swoich komórek. Eubakterie i archaebakterie mają podobne ogólne struktury komórkowe, ale ich skład i rozmieszczenie w komórkach jest zadziwiające. różne. Archae, podobnie jak eubakterie, nie mają wewnętrznych błon i używają wici do manewrowania, ale mają ściany komórkowe złożone z peptydoglikanu
Oprócz różnych struktur komórkowych, eubakterie i archeony mają różną wici. Wici znalezione u archeobakterii wywodzą się z bakteryjnej odmiany pili typu IV, podczas gdy wici bakterii pochodzą z układu wydzielniczego typu III. Eubacteria flagellum jest cienka i wygląda jak łodyga, z pustym centrum i składa się z maleńkich podjednostek. Natomiast znalezione w archaea są krótsze, szersze i przymocowane bezpośrednio do podstawy. Oba organizmy rozmnażają się bezpłciowo poprzez proces rozszczepienia binarnego, a następnie pączkowanie i fragmentację. Eubakterie jednak tworzą zarodniki, które mogą pozostawać w uśpieniu przez kilka lat; ta cecha nie jest wyrażana przez archaea. Eubakterie i archeobakterie mają kilka zachodzących na siebie siedlisk, takich jak gorące źródła, w skorupie powierzchni ziemi oraz w ciałach roślin, zwierząt i ludzi. Oba są przystosowane do życia w ciężkich warunkach, ale eubakterie preferują wilgotny klimat, podczas gdy archeobakterie lubią gorące i suche miejsca.
