Superkomputery wykonują szereg zadań, w tym przewidywanie pogody, zabezpieczanie systemów, a nawet granie i ułatwianie gier. Superkomputery są szczególnie przydatne w dziedzinach naukowych.
Superkomputery nie zbierają tak dużo prasy, jak kiedyś, ponieważ nowoczesne serwery są wystarczająco wydajne, by wykonywać szeroki zakres zadań. Jednak superkomputery nadal są wykorzystywane do wielu zadań. W Stanach Zjednoczonych superkomputer jest używany do ochrony broni nuklearnej, a niektórzy podejrzewają, że superkomputery rządowe są wykorzystywane do łamania trudnych problemów związanych z kryptografią.
Obecnie superkomputery są często wykorzystywane do celów naukowych. Ponieważ układ pogody na Ziemi jest tak złożony, potrzebne są superkomputery do testowania różnych metod przewidywania pogody. Podobnie, superkomputery są używane do testowania modeli Wielkiego Wybuchu i innych zdarzeń, o których myśli się, że występują we wszechświecie.
Definicja tego, co z upływem czasu zmieniło superkomputer dzięki technologii przetwarzania rozproszonego. Deep Blue, szachowy superkomputer stworzony przez IBM, pokonał Garry'ego Kasparowa w szachach w 1996 roku. Ponieważ dzisiejsze komputery są o wiele szybsze niż w latach 90., nawet standardowy komputer stacjonarny może pokonać najlepszych konkurentów. Zaawansowana infrastruktura sieciowa sprawia, że tworzenie superkomputera jest prostsze niż w przeszłości, ponieważ dodanie nowych węzłów do systemu jest stosunkowo proste.
